Το Μουσείο συνιστά ένα πρότυπο, απόλυτα εξειδικευμένο, βιομηχανικό μουσείο με εκθέματα που χρονολογούνται από τη δεκαετία του 1890: μηχανήματα και εργαλεία, αρχειακό υλικό που εκκινεί από το 1915, παλιά χειρόγραφα βιβλία του εργοστασίου, τις πρώτες συσκευασίας και ετικέτες καθώς και πλούσιο οπτιακουστικό υλικό με τις μαγνητοσκοπημένες αφηγήσεις – μαρτυρίες ανθρώπων που εργάστηκαν στο εργοστάσιο. Όλα αυτά συγκροτούν τη μόνιμη έκθεση του Μουσείου, το οποίο διαθέτει και το κατάλληλο πλαίσιο υποστήριξης για Έλληνες και ξένους μελετητές και επιστήμονες.
Συνεργαζόμενοι ταυτόχρονα με εκπαιδευτικούς, συλλόγους, σχολεία και αξιόλογους εκπαιδευτκούς οργανισμούς όπως, το Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης, το Παιδικό Μουσείο της Αθήνας, την στέγη Γραμμάτων και τεχνών, έχουν ήδη οργανωθεί τα παρακάτω εκπαιδευτικά προγράμματα : Εικαστικά Προγράμματα, σεμινάρια Χορού, 6 παιδικά σεμινάρια Φωτογραφίας, Εργαστήρια Πολυφωνικού τραγουδιού για Ενήλικες, Μουσικά Σεμινάρια για παιδιά Δημοτικού, εβδομαδιαία Σεμινάρια Μουσικής Σύνθεσης, Σεμινάρια παραδοσιακής οικοτεχνίας Μουσικά Εργαστήρια για παιδιά ΑΜΕΑ.
Από πλευράς πολιτιστικών δράσεών, συμπεριλαμβάνονται τόσο παραστατικές όσο και εικαστικές τέχνες σε συνεργασία με διάφορους φορείς κ.α. Πληθώρα δημοσιευμάτων στον ελληνικό και διεθνή τύπο, επιβράβευσαν μέχρι τώρα το «Ηφαίστειο Πολιτισμού» όπως έχει χαρακτηριστεί η δράση του Εργοστασίου Τεχνών Σαντορίνης.
Στο χώρο του Μουσείου Τομάτας, λειτουργούν επίσης το Πωλητήριο και το Καφέ. Το Πωλητήριο, αντλεί έμπνευση από τις βιομηχανικές καταβολές του μουσείου και προβάλλει τα προιόντα Ελλήνων σχεδιαστών που συνδυάζουν χρηστικότητα και γνησιότητα για να επαναπροσδιορίσουν την ουσία της Σαντορίνης και της Ελλάδας.
Το καφέ του Μουσείου είναι το ιδανικό μέρος για να κάνετε μία παύση. Γεμάτο αρώματα, τόματας, φιλοξενεί μαθήματα μαγειρικής και μικρές γευστικές δοκιμές τοματοπολτού και προϊόντων τομάτας.